Hacia 1976, la convulsión política y social generó que el gobierno se deteriorara rápidamente y muchos sectores civiles y militares creyeron encontrar la solución a todos los males en el derrocamiento del gobierno constitucional y la instauración de un gobierno de facto, que impusiera “orden y paz social”. A pesar de que la presidente de la Nación, María Estela Martínez de Perón, había anticipado la convocatoria a elecciones presidenciales para el mes de octubre de 1976 -con la finalidad de posibilitar una salida institucional a la situación-, en la madrugada del 24 de marzo de ese año, el helicóptero que la transportaba a la quinta presidencial de Olivos desvió su curso, aterrizó en el Aeroparque Metropolitano y el general José Rogelio Villarreal le informó que había sido depuesta y que la conducían detenida. Horas más tarde, a través de un comunicado, se dio a conocer que una Junta constituida por los tres comandantes de las Fuerzas Armadas se habían hecho cargo del gobierno. Se iniciaba así, la etapa más oscura de la historia del país.

La Junta de Comandantes estaba integrada por el general Jorge R. Videla -designado presidente de la Nación-; el almirante Eduardo E. Massera y el brigadier Orlando R. Agosti. En su proclama justifican su accionar expresando que:

"Agotadas todas las instancias de mecanismo constitucionales, superada la posibilidad de rectificaciones dentro del marco de las instituciones y demostrada en forma irrefutable la imposibilidad de la recuperación del proceso por las vías naturales, llega a su término una situación que agravia a la Nación y compromete su futuro. Nuestro pueblo ha sufrido una nueva frustración. Frente a un tremendo vacío de poder, capaz de sumirnos en la disolución y la anarquía, a la falta de capacidad de convocatoria que ha demostrado el gobierno nacional, a las reiteradas y sucesivas contradicciones demostradas en las medidas de toda índole, a la falta de una estrategia global que, conducida por el poder político, enfrentara a la subversión, a la carencia de soluciones para el país, cuya resultante ha sido el incremento permanente de todos los exterminios, a la ausencia total de los ejemplos éticos y morales que deben dar quienes ejercen la conducción del Estado, a la manifiesta irresponsabilidad en el manejo de la economía que ocasionara el agotamiento del aparato productivo, a la especulación y corrupción generalizadas, todo lo cual se traduce en una irreparable pérdida del sentido de grandeza y de fe, las Fuerzas Armadas, en cumplimiento de una obligación irrenunciable, han asumido la conducción del Estado. Una obligación que surge de serenas meditaciones sobre las consecuencias irreparables que podía tener sobre el destino de la Nación, una actitud distinta a la adoptada […]. Las Fuerzas Armadas han asumido el control de la República. Quiera el país todo comprender el sentido profundo e inequívoco de esta actitud para que la responsabilidad y el esfuerzo colectivo acompañen esta empresa que, persiguiendo el bien común, alcanzará con la ayuda de Dios, la plena recuperación nacional”. Videla, Massera y Agosti: Proclama del 24 de marzo de 1976.

Con estos argumentos, la Junta tomó el poder e instituyó el régimen que denominó  “Proceso de Reorganización Nacional” y fijó como propósitos y objetivos básicos desempeñarse con sentido de moralidad, idoneidad y eficiencia para erradicar la subversión y promover el desarrollo económico a fin de asegurar la posterior instauración de la democracia en el país. Se legalizaba el sistema represivo y se ponía en marcha la máquina del terrorismo de Estado. Mientras que una parte de la sociedad aceptó el proyecto e incluso, lo valoró como justificado y necesario, otros sectores se opusieron a él.

Las primeras medidas fueron el desconocimiento de lo pautado por la Constitución Nacional -por ende, los derechos y garantías constitucionales-, el cierre del Congreso, la prohibición de toda actividad política y sindical, el establecimiento de la pena de muerte, la censura hacia los medios de comunicación, y a fin de concretar sus fines, separaron a los civiles -técnicos o de carrera- de sus puestos en organismos del Estado reemplazándolos por uniformados, quienes no poseían ni las capacidades técnicas ni la idoneidad suficiente para llevar adelante tales tareas.

Muchos civiles fueron “colaboradores del régimen” y ocuparon cargos en la Corte Suprema de Justicia, las intendencias y gobernaciones y, conocidos periodistas e intelectuales escribieron y organizaron discursos en defensa de la dictadura.
Las Juntas de gobierno que se sucedieron entre 1976 y 1983 mantuvieron estrechas relaciones diplomáticas públicas unas veces, y secretas, otras; con representantes del gobierno y corporaciones empresariales estadounidenses.

Hace poco tiempo, el Departamento de Estado de EEUU desclasificó documentos que revelaban la complicidad del secretario de Estado Henry Kissinger y de otros altos funcionarios estadounidenses en la represión llevada a cabo en Argentina. Incluso, Kissinger reveló que mantuvo conversaciones con el ministro de relaciones exteriores de la dictadura militar argentina, el almirante César Augusto Guzetti, en 1976. En esos encuentros, Guzetti, lo ponía al tanto del desarrollo de la “guerra sucia” desatada en Argentina contra trabajadores, estudiantes e intelectuales:

“Nuestra lucha ha tenido muy buenos resultados durante los últimos cuatro meses [...] Las organizaciones terroristas han sido desmanteladas. Si continuamos en esa dirección, ya para fines de año el peligro habrá desaparecido.[...] El aspecto más espectacular de la campaña antiterrorista han sido los asesinatos cometidos por los escuadrones derechistas de matones pagados que funcionan fuera de la ley. Operan sin temor a castigo y por lo regular se hacen pasar de funcionarios que vigilan la seguridad. Los derechistas son responsables de secuestrar y/o asesinar a cientos de izquierdistas que representan un riesgo a la seguridad (del país). Entre éstos se encuentran exiliados de países vecinos, extranjeros, políticos, estudiantes, periodistas y curas. Lo más probable es que varios terroristas verdaderos hayan caído presas de la venganza derechista, pero la gran mayoría de las víctimas no han sido guerrilleros. No cabe duda que la mayoría de los terroristas derechistas—para no decir todos—son policías o militares que actúan con el consentimiento de funcionarios del gobierno que gozan de cargos importantes en la protección de la seguridad.” Osorio, Carlos y Costar, Kathleen: “Kissinger to the argentine generals in 1976”, en http://www.gwu.edu/~nsarchiv/NSAEBB/NSAEBB133/index.htm
Quienes pusieron en marcha el terrorismo de Estado tenían claro que, subversivos, eran todos aquellos que no aceptaran los lineamientos impuestos por el régimen.

En conocimiento de las acciones represivas, Kissinger aconsejó que terminen rápido con lo que estaban haciendo y que regresen a los “procedimientos normales” pero, afirmó, que “los amigos tienen que ser apoyados”. Estos documentos dejaban al descubierto el conocimiento y apoyo de los EEUU a la dictadura militar argentina. De hecho, muchos militares ocuparon cargos en el gobierno, se habían preparado en la Escuela de las Américas que funcionaba en la zona del canal de Panamá.
Demostraron haber aprendido muy bien las lecciones y estar íntimamente consustanciados con los intereses y el modo de vida americano al cumplir con todos los requerimientos de la llamada Doctrina de la Seguridad Nacional, diseñada por Washington.

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Promediando 1983 y ante las inminentes elecciones del 30 de octubre, los miembros de la Junta sancionaron el decreto-ley 22.924 de Pacificación Nacional, conocida como de Autoamnistía. La Ley beneficiaba a todos aquellos que hubieran cometido delitos comunes o militares -fueran autores, partícipes, instigadores, cómplices o encubridores- en acciones motivadas en la lucha contra el terrorismo o la subversión desde el 25 de mayo de 1973 hasta el 17 de junio de 1982. Apelaban a la reconciliación nacional y a la superación de pasadas tragedias. Se daba por muertos a todas aquellas personas que se encontraban “desaparecidas” y se anunciaba que quienes habían participado del Proceso sólo se someterían “al juicio de Dios”.